Episodeguide: Sesong 1 | Sesong 2 | Sesong 3 | Sesong 4 | Sesong 5 | Sesong 6
Episode 79. When Worlds Collide
To pakistanere som jobber i en humanitær organisasjon med mulig terrorkontakter blir kidnappet og senere funnet drept. Sammen med likene blir det funnet plantegninger for flere skoler og en rakettkaster og det blir slått full terroralarm. En professorkollega av Charlie som er pakistaner og tilknyttet gruppen blir arrestert og Charlie gjør det han kan for å forsvare kollegaen sin.
Charlie setter opp en modell for ett sosialt nettverk for de to drepte og en tredje pakistaner peker seg ut som fellesnevner. Han er under overvåkning når to menn prøver å kidnappe han. De mislykkes og den ene mannen klarer å stikke av, mens David skyter den andre. Mannen som David skjøt viser seg å tilhøre IRA og en gammel aktivist som Colby og David kontakter, forteller dem at avdøde pleide å samarbeide med Shane O`Hannan, som ikke er opptatt av "saken" kun av pengene og har kontakter i Libya og Syria.
Det viser seg at den pakistanske gruppen ikke har noe med IRA å gjøre, men O`Hannan inflitrerte organisasjonen for å få tilgang til pengene deres. Alikevel blir ikke Charlies kollega løslat fordi etterforskningen av han avslørte at han sendt forskningsresultatene sine om bla.a. plantesykdommer til hjemlandet.
Da tar Charlie en beslutning som kommer til å få store konsekvenser for han. Charlie mener at kollegaens resultater er livsviktig for fattige pakistanske bønder og han sender også resten av kollegaens forskningsdokumenter til Pakistan med e-mail før han melder seg selv til politiet. Han blir arrestert og selv om han slipper ut etter kort tid, mister han sikkerhetsklareringen hos FBI.